Die erste urkundliche Erwähnung im Jahre 1541 betraf Hans Ziegler, der Michael Schneider ein Grundstück abkaufte. Wie aus einem 1602 von Petrus Zweidler erstellten Stadtplan Bambergs hervorging, handelte es sich um ein Brauhaus mit Gasthof. Einwirkungen während des Dreißigjährigen Krieges und ein Brand 1650 zerstörten die Gebäude komplett.
Es folgte die Gründung der Brauerei 1670 und der erneute Wiederaufbau unter dem Namen „Ziegelhütte“ in der Wunderburg, dem heutigen Firmensitz des Mahrs Bräu. Familie Steinfeld besaß das Anwesen zwischen 1716 und 1798 und verkaufte es nach dem Tod des Besitzers 1840 an Karl Mahr. 1895 ging die Brauerei inklusive Felsenkeller am Stephansberg durch Verkauf an Johann Michel Junior über. Die Brauerei in der Wunderburg wurde 1908 abgerissen und ein größeres Backsteingebäude mit 32 Meter hohem Kamin für das Sudhaus errichtet.
Aufgrund der enormen Investitionssumme musste das Unternehmen 1913 Konkurs anmelden, doch Johann Michels Ehefrau Elise konnte es zurückkaufen. Nach den Wirren der Weltkriege und erneuter Ausstellung der Braulizenz nahm die Brauerei 1949 den Betrieb wieder auf. Die Söhne von Elise, Wilhelm und Albert Michel, gründeten 1957 die Mahrs Bräu Bamberg, Gebr. Michel OHG. In dritter Generation übernahm 1971 Ingmar Michel das Unternehmen und leitete zahlreiche Modernisierungen ein.
Besonderes Engagement galt dem Umweltschutz-Beratungs-Programm. Seit 2016 ist Stephan Michel Geschäftsführer. In den folgenden Jahren regnet es internationale Auszeichnungen für die wohlschmeckenden Bierspezialitäten, Mahrs wird Bambergs erfolgreichste Brauerei und erlangt Weltruf. Weitere Modernisierungen, die Umstellung auf regional erzeugten Ökostrom und Nutzung energiesparender Technologien weisen den verantwortungsvollen Weg in die Zukunft.
Das Beefuture-Projekt unterstützt den Fortbestand von Bienen, deren Naturhonig im Shop angeboten wird. Daneben trägt Mahrs Bräu die Zertifizierung des „Qualitätsverbunds umweltbewusster Betriebe“ und das Bayerische Staatsministerium für Umwelt und Verbraucherschutz zeichnet Familie Michel mit der Urkunde „Umwelt- und Klimapakt Bayern“ für ökologische Erzeugung aus.
