Ehe die Malzmühle gegründet wurde, galt der Kölner Heumarkt in der Altstadt der Domstadt als einer der wichtigsten Umschlagplätze für den Kornhandel. Von 1572 bis 1813 befand sich an dieser Stelle die städtische Ratsmühle, von der nahezu alle Landwirte aus dem Kölner Raum mit Weizen- und Gernstenschrot versorgt wurden. Diese Mühle gab der späteren Mühlen-Brauerei auch ihren Namen. Gegründet wurde diese von Hubert Koch am Heumarkt 6, der das Unternehmen zunächst auf den Namen „Bier- und Malz-Extract-Dampfbrauerei Hubert Koch“ taufte.
Um 1915 verkaufte der Inhaber seine Brauerei an seinen Neffen Gottfried Joseph Schwartz, der den Betrieb in „Brauerei zur Malzmühle“ umbenannte. Nach seinem Tod führte seine Witwe Margaretha Schwartz die Leitung des Unternehmens für weitere zehn Jahre fort und vererbte die Brauerei schließlich an ihren Sohn Hubert Josef Schwartz. Er war Inhaber und Geschäftsführer der Mühlen-Brauerei bis zu seinem Tod im Jahr 1944. Knapp ein Jahr später kam es kurz vor dem Ende des zweiten Weltkriegs, zum verheerenden Bombenangriff auf Köln.
Dabei wurde die Malzmühle nahezu vollständig zerstört. Sybille Schwartz, die Tochter von Hubert Josef Schwartz, führte den Betrieb jedoch sicher durch die Krise: Die Brauerei wurde nach und nach wieder aufgebaut, so dass die Produktion nach dem Ende des Krieges erfolgreich fortgesetzt werden konnte. Im Zuge des Wiederaufbaus wurde auch das alte, ursprüngliche Portal restauriert, das bis heute den Eingang zum Brauhaus schmückt. Im Jahre 1960 wurde der Betrieb von Anneliese Schwartz übernommen, die die Mühlen-Brauerei zu einem florierenden mittelständischen Betrieb ausbaute.
Der exzellente Ruf der Biere aus der Brauerei ging weit
über die Stadt Köln hinaus. Das Brauhaus selbst wurde zu einem beliebten Treffpunkt für Einheimische und Besucher der Stadt Köln, die dort gesellige Stunden bei leckerem
Kölsch genossen. Nach wie vor wird das Mühlen Kölsch
traditionell im Keller des Brauhauses hergestellt. Im Zuge des Umbaus des gesamten Gebäudekomplexes ab dem Jahr
2010 vergrößerte man die Kapazitäten deutlich. Das Brauhaus bietet nunmehr
500 Gästen Platz, zudem gibt es einen 150 Plätze umfassenden Veranstaltungsraum. Die neue
Mühlen Bar hat sich auf den Ausschank von eigens gebrautem
Craft Beer sowie einzigartigen
Kölsch-Cocktails fokussiert. Auch das
Hotel zur Malzmühle wurde eröffnet, in dem einige der Zimmer sogar mit einem eigenen Kölsch-Zapfhahn im Bad ausgestattet sind.
Auch in die Technologie investierte das erfolgreiche Unternehmen zunehmend: So besitzt die Malzmühle seit dem Jahr 2012 eine hochmoderne Anlage zur Fassabfüllung und nutzt neue Fässer, die den hervorragenden Geschmack der Biere noch besser zur Geltung bringen. Nach wie vor gehört das Brauhaus am Kölner Heumarkt zu den beliebtesten Treffpunkten in der Altstadt. Zwar liegt der Marktanteil auf dem Kölsch-Markt für die Malzmühle nur bei rund 3 Prozent, dennoch konnte sich das Unternehmen über viele Jahrzehnte hinweg fest auf dem Markt etablieren und blickt einer ebenso erfolgreichen Zukunft entgegen.